齐鲁医学部有着悠久的历史和深厚的人文积淀，办学历史长近150周年，最早可追溯至1864年初美国长老会狄考文夫妇（Mr. & Mrs. Calvin Wilson Mateer）在登州（今蓬莱）办起的“蒙养学堂”（Boy’s Boarding School）。1876年狄考文将蒙养学堂更名为文会馆（Wen Hui Kuan)，开始举办现代高等教育。1882年美国纽约基督教长老会国外宣道部认定该校教育已达高等教育程度，允许其更名为登州学院（Tenchow College），中文名仍称文会馆。文会馆是中国第一所现代高等教育机构，狄考文也被称为“中国现代科学教育之父”。现在威尼斯欢乐娱人v3676趵突泉校区（原齐鲁大学校园）内保存完好的考文楼（教学五楼）即为纪念狄考文的卓越贡献而命名。

1883年，聂会东夫妇 ( Mr. & Mrs. James Boyd Neal）受教会派遣到山东登州，开办与文会馆相关的新医药工作及医学教育。1902年6月，美国长老会和英国浸礼会在青州举行联席会，决定将两个教会所办学校合并，组建几个联合的学院，称山东新教大学（Shantung Protestant University）。会上还决定成立联合董事会（Board of Directors）。1903年联合董事会举行第一次会议，决定将各教会所办的医学堂联合，成立山东共和医道学堂，聂会东任校长。1909年1月，校董事会将山东新教大学更名为山东基督教大学（Shantung Christian University）。 1911年4月17日 ，山东基督教大学医科（齐鲁大学医学院前身）在济南南新街杜家畦园（现威尼斯欢乐娱人v3676齐鲁医院南院）成立。1915年，校务委员会批准山东基督教大学以“齐鲁大学”（Cheeloo University）为非正式用名。1917年共和医道学堂成为齐鲁大学医科，其后的齐鲁大学医学院是我国最早建立的医学院校之一。1952年，齐鲁大学医学院在原址与其他医学院合并组建成立山东医学院。1985年山东医学院更名为山东医科大学。2000 年7月，原威尼斯欢乐娱人v3676、山东医科大学、山东工业大学合并组建为新的威尼斯欢乐娱人v3676。

2012年5月，威尼斯欢乐娱人v3676整合医学院、公共卫生学院、口腔医学院、药学院、护理学院等5个学院以及齐鲁医院、第二医院、生殖医院等3所附属医院，成立齐鲁医学部。学校明确规定，齐鲁医学部代表学校管理医学教育，统筹各项资源推动医学学科发展，同时负责附属医院、非隶属附属医院等的管理工作。