虽然在1924年，加拿大政府就准予了齐鲁大学立案，批准其具有学位授予权，可它在国内立案，却经历了一番不小的曲折。

   “五四”运动前，齐鲁大学一直延续基督教的教学宗旨。随着“五四”运动的爆发，国内青年知识分子民族主义情绪日趋高涨，反基督教运动也愈演愈烈；国民政府也在1920-1927年连续发布文件，督促教会大学按照政府要求进行改革并申请立案；1928年发生的“济南事件”（五三惨案）更是激起了齐大学生和中国教职工的民族主义激情，齐鲁校园内连续爆发了学生罢课和校工罢工事件，一度使学校的办学处于停顿状态。

   齐鲁大学在此背景下，在校政、中外籍老师比例、学科设置和课程等方面开始进行改革。1931年10月17日，改革后的齐鲁大学终于获准政府立案，标志着齐鲁大学完成了本地化过程，部分教育权已被中国人收回，中国人形式上掌握了学校的领导权。

教会掌握学校事务的最终决定权

　　其实最初，教会大学并不在乎立案。因为在光绪年间，清政府曾颁布《咨各省督抚外人设学无庸立案文》，能独立于中国教育体系之外生长，自然不必理会中国教育部门的管束。最初的齐鲁大学一直延续基督教的教学宗旨，培养基督教领袖、牧师和布道员等。学校“总因耶稣道而设，故以圣道为至要”“本校之目的在造就中国基督教领袖人才，尤特别注意于布道、医术、师范和看护等专门事业”，因此校园内都充斥着浓郁的宗教气氛。

   学校设有专门的宗教系，开设旧约历史、圣经新解和基督教教义等课程。学校的教堂——康穆堂于1923年竣工，每周日早晨8点，老师和学生从各个角落前来参加20分钟的晨祷。学校的医院也保持着浓厚的宗教气氛，英国浸礼会的培林牧师同时担任医院的药物学教授和医院牧师。医院用《福音书》和《使徒行传》对病人布道，为了加强宣传效果，医院还在病房里放映关于耶稣的幻灯片。

   1917年，齐鲁大学由多个各类学院组成，而参加学校组建的差会达到了十四个之多。为了共同掌握控制齐鲁大学，英国、美国、加拿大三国的十四个差会联合组织了一个理事部，理事会控制着齐鲁大学的经费，因此掌握着学校的行政大权。齐鲁大学还成立了董事会，在齐鲁大学未立案前，董事会是由各“合会”选派代表一至二人组成。起初的成员都是清一色的英美传教士。它有权选举各院院长及西籍教师，有权决定其他校内事务，并掌握着学校的财产。董事会下设财政和账目稽核二个委员会，校长负责选聘中国教师。这样，学校就建起了一套从理事部——董事会——院长的多级管理体制。英、美两个差会势力强大，掌握了学校事务的最终决定权，中国人无权参与校政。

   1918年12月医学院教务会议所列出的六大常务委员会18名代表中，无一名中国代表。自1917年齐鲁大学成立后十年的时间里，学校的校长一直由西方人担任。西方传教士为了更有效地控制齐鲁大学，还规定学校召开的各类会议都要用英文讨论、记录。学校的布告，在洋人当院长、校长的时期，也都用英文。直到后来由中国人担任了学校的校长和院长后，学校的一些会议中才实行中、英文兼用，但英文仍占据重要地位。

   当时中西教员间也存在不平等的待遇问题。当时差会对学校的支持方式为差会董事会提供给大学经费资助的份额，最通常的是采用提供西籍人员的方式，而非直接投资。因此，在此制度下，用西籍人员来填补职位上的空缺，要比用中国人容易得多。这给学校要增加中国教授的比例带来极大的困难。不过中国教师的水平普遍不高也制约着他们在大学里供职。在大学分散的各部在济南安家之前，大部分教师没有机会攻读研究生，无论是在国内还是到国外。因此，他们很难和西方同事们平起平坐。

收回教育权运动

到了上世纪20年代，中国的民族主义越来越高涨，反基督教运动也愈演愈烈，终于爆发了1922——1927年的非基督教运动。学生纷纷举行罢课和示威活动，进行反基督教运动并引发了收回教育权运动。他们态度坚决、力量强大，加速了学校管理权向中国人手中的转移。

    中国日益高涨的民族主义，加速了传教士们对基督教传教形式以及教会大学办学方针的变革。以美国传教士司徒雷登(John Leighton Stuart)为代表的现代派传教士认为在处理教会大学与中国关系的问题上，教会大学应主动向中国政府注册，以求获得认可，甚至表示“一俟中国人得有办学之经验及能力，便将学校主权归还”。

   另一方面，面对“新形势”，自1917年至1927年，中国政府先后六次颁布立案规则，步步紧逼：(1)组织校董事会；(2)不得以外国人担任校长；(3)不得以宗教科目为必修课；(4)如有宗教仪式不得强迫学生参加；(5)以限期呈请立案。

   1925年，齐鲁大学为申请政府立案而进行改革，将医科改称齐鲁大学医学院，齐鲁医院又称作齐鲁大学医学院附设教学医院。1926年成立了“立案委员会”，1928年底决定立刻采取立案措施，向南京政府申请立案，并于1929年5月底，将正式的申请递到了当时的山东省教育厅。

   1929年，为了满足中国政府的注册要求，平息因注册问题而起的学生罢课运动，齐鲁大学决定将神学院独立出去，将文理学院分为文学院和自然科学院两部分。1930年2月的教务会议决定取消宗教系，将宗教课分配到其它系中，如教育系(宗教教育)、社会系(耶稣社会准则)、历史系(教会史等)、哲学系(基督教伦理等)和英语系(英语圣经文学等)。此后，学校的宗教课程已经不再具有强迫性，宗教课程随之减少。

   为了符合政府的要求，齐鲁大学在1927年将文理学院院长李天禄升副校长，学校的校级领导人中第一次有中国人的身影。1928年，新成立的南京国民政府教育部反复强化对立案的要求。鉴于新的规定，齐鲁大学的区域委员会在1928年建议李天禄担任代理校长。1929年7月，根据投票建议，李天禄出代理校长升为校长，成为了齐鲁大学建校以来第一位中国校长。在1929年夏天，政府派出的一个视察委员会到齐鲁大学为学校的注册进行考察，在考察结束后就提出了有关于行政管理权方面的意见，“他们强调董事会成员中必须有2／3的中国人，而不仅仅是占多数。”

孔祥熙出面“解困”

   可这似乎仍不足以即刻“扭转乾坤”。于是，他们又着力“攻关”——派齐大副董事长衣振卿（衣兴林）和董事张达忱，持原女生部主任麦美德的亲笔信前往南京，请实业部长孔祥熙出面“解困”。

　　麦美德为何请得动孔祥熙？这要从两人一段匪浅的师生缘份说起。

　　据《孔祥熙家事》《孔祥熙传》等书记载，孔祥熙出生在山西太古一个封建大家庭里。1889年，在私塾上学的孔祥熙病重难愈，其父孔繁慈无奈中前往传教士的诊所求医，在那医好了疾病，自此，父子二人对教会感情极深。后来，孔繁慈就将儿子送入基督教会办的华美公学读书。几年后，孔祥熙又被推荐进入美国公理会设的通州潞河学院深造，在那里，他遇到了教授地理、历史等课程的传教士麦美德。最终，麦美德引导自己这位“得意弟子”成为一名基督教徒。

　　而孔祥熙能赴美求学，也多亏有麦美德相助。1900年，以“扶清灭洋”为口号的义和团运动兴起，潞河学院停课，孔祥熙返乡，随后便展开了一系列营救当地传教士及教民的行动。义和团被清剿后，他又料理了传教士和教徒的后事，更进京向华北公理会汇报了太谷教案的案情，还作为华北教会派赴山西教案善后谈判代表的助手赴晋谈判。基于这一系列的“护教义举”，麦美德从中做了大力的推荐工作，促成孔祥熙留学美国。

　　后来，麦美德辗转来到齐鲁大学工作，而孔祥熙成为南京国民政府高官。因为这段渊源，麦美德向弟子求助，以解学校的燃眉之急。

从会面的成果看，孔祥熙展现出了重情、念旧的一面——他当即应允，亲自出任该校名誉校长及校董事长——直到1947年去美国做寓公之前,齐大校董事长始终为孔祥熙。

此后孔祥熙还找到时任教育部次长的老友朱经农出任齐大校长。而在他的直接过问帮助下，齐大的立案变得顺风顺水，终于在1931年12月17日等到了通知——“齐鲁大学申请立案，经教育部派员视察。兹据视察报告，该校之设施管理，尚属满意，因此准予立案。”至此，齐鲁大学终被南京政府教育部核准立案。

   针对学校中存在的中西籍教员待遇不平等问题，注册文件中指出：“教授等级须仔细核定，俾使薪水等差不至过于悬殊。”注册之后的齐鲁大学加速了教学师资的本土化进程，学校请来老舍等大批中国教授来校任教，中国教员的数量得以增加，以齐鲁大学文理学院为例，到1935年共有教师84人，外籍教师仅为16人，不到教师总数的五分之一。中国教员待遇与以前相比也大幅度提高，在住宿条件上，他们与西方教员一同住在学校的洋房里。

   抗日战争爆发前的30年代里，齐鲁大学处于全盛时期，拥有文、理、医三个学院。到抗战前夕，齐鲁大学已是国内比较有影响的教会大学。至1936年秋，注册学生达到576人，比以前任何时候都要多。它的学生来自国内多个省市、各个阶层，毕业后大多从事于社会服务工作，在社会上享有良好口碑和较高声誉。